学术查重是指利用学术平台进行文献查重，主要针对学术论文的查重需求。用户可以将待查重的论文上传至学术系统，系统会通过比对学术数据库中的文献，找出相似度较高的部分，并给出查重报告。而论文系统查重则是指利用专门的论文查重系统进行查重，这类系统更加专业和全面，可以检测更多的相似内容和抄袭行为。

另外，学术查重通常需要购买学术的服务或使用学术的检测配额，而论文系统查重则有多种选择，可以根据自身需求选择不同的服务商或软件进行查重。此外，论文系统查重通常具有更灵活的设置和更准确的检测算法，能够更好地保障论文的原创性和学术性。因此，用户在选择查重工具时需要根据具体情况和需求来决定使用学术查重还是论文系统查重。